Catégorie : Medline / PubMed

– Anatomy Lens est un projet de recherche de la société IBM qui vise à améliorer la pertinence des résultats lors d’une recherche des articles de PubMed. Pour cela, le moteur de recherche exploite non seulement la terminologie MeSH mais également d’autres données et ontologies : "Foundational Model of Anatomy (FMA), Gene Ontology (GO), Gene Ontology Annotations (GOA)".

L’essai du service est gratuit après signature des conditions d’utilisation.

https://services.alphaworks.ibm.com/anatomylens/

 

– Polysearch est un outil de fouille de texte capable d’extraire de PubMed et d’autres bases de données de nombreuses associations entre maladies, gènes, substances, tissus etc.

L’article qui présente le projet : PolySearch: a web-based text mining system for extracting relationships between human diseases, genes, mutations, drugs and metabolites  (Free Full Text). 

Son URL http://wishart.biology.ualberta.ca/polysearch/

PubMed propose depuis hier un formulaire de recherche avancée en version beta.

Ce formulaire réunit sur une seule page des fonctionnalités qui étaient autrefois dispersées sous les onglets "limits" et "history" mais ne propose pas de réelles nouveautés.

La présentation officielle : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_advanced_search.html 

http://pubget.com/ est une des nombreuses interfaces alternatives à PubMed (à côté de PubFocus, HubMed et gopubmed entre autres). Sa particularité est d’afficher directement l’article au format Pdf lorsque celui-ci est disponible. A tester.

 

Les URLs des articles médicaux ont souvent une durée de vie assez limitée.

Pour être sûr que votre lien ne sera jamais en 404, vous pouvez utiliser les identifiants DOI pour obtenir des liens durables ayant cette allure : http://dx.doi.org/10.1136/bmj.39304.603762.DB.

Où les trouver ?

– Sur les sites des journaux eux-mêmes.

– Tous les articles de ScienceDirect proposent un lien de ce type (notamment pour les 45 derniers titres en  français ajoutés).

– Une manipulation sur PubMed permet également d’obtenir le DOI, il faut pour cela afficher les références au format MEDLINE ( Display >> MEDLINE). Le DOI est mentionné sur un grand nombre de titres.

Faute de DOI, vous pouvez utilisez le numéro identifiant de PubMed, le PMID, pour créer des liens stables vers PubMed sous cette forme : http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/pmid. Pour cet exemple : http://view.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17703024.

[Mise à jour 16/04/2008] La norme est maintenant : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/pmid. Pour cet exemple http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17703024.

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma08/ma08_simplified_web_links.html  

 
 

Bonne année aux lecteurs du blogue. 

GoPubMed est l’une des interfaces alternatives à PubMed les plus riches.

Ce service propose maintenant des fonctions de réseau social, en identifiant les principaux auteurs correspondant à votre requête. Le système est capable de distinguer les homonymes et de retracer plusieurs affiliations successives par analyse sémantique. Le formulaire de contact laisse aussi présager que les courriers électroniques des auteurs ont été retrouvés.

Voir le communiqué de presse en français.

2 exemples :

 

Via ScienceRoll

Une des fonctionnalités les plus intéressantes du navigateur Firefox est la possibilité de modifier le contenu même des pages visitées à l’aide de l’extension Greasemonkey et de scripts.

Voici l’un de ces scripts : PubMed Citations (http://userscripts.org/scripts/show/13704) qui pourra se révéler extrément utile aux utilisateurs de PubMed.

Il permet d’afficher pour chaque référence de PubMed le nombre de citations par d’autres articles et d’obtenir la liste de ces articles. Le tout est basé sur Google Scholar et ne peut donc pas prétendre à l’exhaustivité, il permettra néanmoins quelques découvertes documentaires intéressantes.

Pour l’installation :

– Il faudra utiliser/installer Firefox

– Installer l’extension Greasemonkey

– Installer le script PubMed Citations

La (riche) page consacrée à Medline et PubMed sur le wiki des bibliothèques universitaires de médecine et santé publique de Lausanne (http://www.chuv.ch/bdfm/) vient d’être mise à jour.

On y trouvera une présentation des différentes alternatives à PubMed, ainsi qu’un tableau synthétique très complet.

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