Blogue CISMeF

La conférence EAHIL 2008 (European Association for Health Information and Libraries) s’est tenu à Helsinki du 23 au 28 juin 2008.

Les posters, articles et présentations sont disponibles sur la page du programme scientifique : https://wiki.helsinki.fi/display/EAHILScientificProgramme/Home.

On y retrouve, entre beaucoup d’autres choses, la contribution de l’équipe CISMeF : une présentation de CISMeF Actualités.

Les articles basés sur les meilleurs présentations et posters seront l’objet du numéro d’Août du JEAHIL.

On peut également découvrir la conférence côté 2.0 (photos, vidéos, blogs…) à partir de cette page http://www.netvibes.com/eahil2008.

Depuis le début de l’année, les documents et prises de position sur l’avenir du dossier médical personnel se succèdent :

- 29 janvier : Le RAPPORT D’INFORMATION DMP, déposé par la commission des affaires culturelles, familiales et sociales sur le dossier médical personnel est publié sur le site de l’assemblée nationale.

- 15 mai : Le rapport de la mission de relance du DMP sur le site du ministère.

- 29 mai : rapport de la CCNE (Comité Consultatif National d’Ethique) http://www.ccne-ethique.fr/docs/Avis%20104.pdf 

- 29 mai : Le CNOM présente 5 propositions concrètes dans un Livre blanc sur l’informatisation de la santé http://www.conseil-national.medecin.fr/?url=presse/article.php&id=129 

- 18 et 19 juin : Interviews de Roselyne Bachelot sur le sujet : Les Echos, le Quotidien du médecin 

Sur le même sujet : le site du GIP DMP : http://www.d-m-p.org/, les réactions du site i-med : http://www.i-med.fr/spip.php?rubrique2

Et une réflexion sur le dossier médical électronique tel qu’il se profile aux Etats-unis : http://affordance.typepad.com/mon_weblog/2008/06/all-google-bobo.html

L’indépendance de la rédaction est devenue un enjeu au Croatian Medical Journal après une confrontation entre le journal et le plus puissant de ses 4 propriétaires, la Faculté de médecine de l’Université de Zagreb … CMAJ • June 17, 2008; 178 (13). doi:10.1503/cmaj.080813.

Un rapport récent du conseil national de l’Ordre des médecins établit les règles à suivre pour les médecins en ce qui concerne leur communication sur Internet que ce soit sur un site de santé non institutionnel destiné au public, sur leur site professionnel ou sur leur site personnel.

A consulter ici : http://www.web.ordre.medecin.fr/rapport/deontologiemedicalesurleweb2008.pdf

PubMed vient d’annoncer plusieurs modifications du système d’ "automatic term mapping" (ATM), le système qui interprète les requêtes des utilisateurs.
Ce dernier a été notamment modifié pour inclure par défaut les noms d’auteurs et de journaux ce qui devrait faciliter la recherche à partir d’éléments bibliographiques.

Pour les recherches thématiques, les choses se compliquent puisque ces modifications favorisent très fortement le rappel au détriment de la précision, c’est à dire plus de résultats mais une proportion de références pertinentes plus faible.

Pour les requêtes composées de plusieurs termes, tous les mots sont désormais recherchés y compris si ils sont utilisés indépendamment.

 Avec ces modifications, toutes les références contenant gene et therapy sont inclues aux résultats y compris si ces mots sont utilisés séparément. Cette interprétation pourra poser problème avec les mots les plus courants.

Quelques exemples en chiffres (résultats du 29/05/2008 15h) :

- Gene therapy : 90744 (contre 36510 avec l’ancienne interprétation, soit une augmentation de 148%)
- hepatitis a : 152418 (contre 19850, + 668% )

[mise à jour 03/07/2008]

Le nouvel ATM a été corrigé pour que les lettres ou les chiffres isolés ne soient plus cherchés séparément.

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html

[fin de la Mise à jour]

- Gardner Syndrome : 1279 (contre 657, + 94%)

Plus que jamais, les guillemets (pour forcer la recherche d’expression) et les "Limits" (ou le nouveau formulaire de recherche avancée) sont indispensables pour interroger PubMed.

Source : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html

Quelque mois après Microsoft, Google propose son nouveau service Santé (uniquement destiné au public américain pour l’instant) : https://www.google.com/health/

Pour ceux qui veulent le découvrir sans s’inscrire, cette page est un bon début :  https://www.google.com/health/html/about/index.html.

Plus d’info http://www.zorgloob.com/2008/05/google-health-est-ouvert.asp

- Anatomy Lens est un projet de recherche de la société IBM qui vise à améliorer la pertinence des résultats lors d’une recherche des articles de PubMed. Pour cela, le moteur de recherche exploite non seulement la terminologie MeSH mais également d’autres données et ontologies : "Foundational Model of Anatomy (FMA), Gene Ontology (GO), Gene Ontology Annotations (GOA)".

L’essai du service est gratuit après signature des conditions d’utilisation.

https://services.alphaworks.ibm.com/anatomylens/

- Polysearch est un outil de fouille de texte capable d’extraire de PubMed et d’autres bases de données de nombreuses associations entre maladies, gènes, substances, tissus etc.

L’article qui présente le projet : PolySearch: a web-based text mining system for extracting relationships between human diseases, genes, mutations, drugs and metabolites  (Free Full Text). 

Son URL http://wishart.biology.ualberta.ca/polysearch/

PubMed propose depuis hier un formulaire de recherche avancée en version beta.

Ce formulaire réunit sur une seule page des fonctionnalités qui étaient autrefois dispersées sous les onglets "limits" et "history" mais ne propose pas de réelles nouveautés.

La présentation officielle : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_advanced_search.html 

Le site d’information patients de référence MedlinePlus propose maintenant des informations dans de nombreuses langues à partir de cette page : http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/languages/languages.html.

 Le National Center for Integrative Biomedical Informatics propose sur son site un outil qui permet  de  consulter les correspondances (extraites automatiquement de la littérature) entre gènes et termes MeSH et de consulter les références bibliographiques assiociées : http://gene2mesh.ncibi.org/

Source : ScienceRoll